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本中心隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任、秘書各1人,下設個案管理組、健康促進組、會計室及人事單位,預算員額27人,組織架構圖如下:

臺北市健康服務中心組織架構圖主任秘書人事機構健康促進組個案管理組會計室

中心本部包含主任(1人)、秘書(1人),各單位職掌(預算員額數)如下:

一、個案管理組 (預算員額數:13人):掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、婦幼衛生、優生保健、癌症防治、學校衛生及其他個案管理等事項。

二、健康促進組 (預算員額數:14人):掌理生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、 學校衛生教育宣導、中老年疾病防治長期照護、家戶健康管理及研考、文書管理、庶務、出納、採購案及兼辦資訊等事項。

三、會計室(預算員額數:0人) (大安兼辦):秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。

四、人事機構(預算員額數:0人) (文山兼辦):秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。